بررسی خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی سویه های Pseudomonas syringae pv. syringae ، جداشده ازدرختان میوه هسته دار، با استفاده از روش RFLP در استان کهگیلویه و بویر احمد

دو فصلنامه تحقیقات بیماریهای گیاهی

دوره 7، شماره 1، خرداد 1403   

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسنده

گیلدا نجفی پور^*

گروه گیاهپزشکی دانشگاه آزاد اسلامی واحد جهرم

تاریخ دریافت: 08 اسفند 1402،  تاریخ بازنگری: 04 اردیبهشت 1403،  تاریخ پذیرش: 23 خرداد 1403 

چکیده

شانکر باکتریایی درختان میوه هسته دار ناشی از Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss)، در کلیه مناطق کشت درختان هسته دار وجود دارد و یکی از مهم ترین بیماری های درختان میوه هسته دار در ایران است. این بیماری باعث ایجاد زوال در درختان جوان و کاهش محصول در درختان مسن می شود (Agrios, 2005). طی بازدیدهای انجام شده از مناطق مختلف استان کهگیلویه و بویراحمد، نمونه های آلوده به شانکر باکتریایی درختان میوه هسته دار جمع آوری شد. همه سویه ها به منظور بررسی خصوصیات فنوتیپی، ژنوتیپی، فیزیولوژیکی، بیماریزایی، تغذیه ای و وجود ژن SyrB مورد بررسی قرار گرفتند. علاوه بر این سویه های مورد نظر از لحاظ ژنوتیپی با روش RFLP نیز مورد ارزیابی قرار گرفتند. ویژگی های ریخت شناسی و زیست شناسی بررسی شده نشان داد که تمام سویه ها میله ای شکل،گرم منفی، متحرک، هوازی اجباری، کاتالاز مثبت و از نظر واکنش فوق حساسیت روی توتون نیز مثبت هستند. کل سویه ها روی محیط کشت Kings΄B تولید رنگ سبز فسفری نمودند. در آزمون های گروه LOPAT نتیجه ی واکنش های اکسیداز، لهیدگی سیب زمینی و آرژنین دهیدرولاز برای کلیه سویه ها منفی، اما نتیجه آزمون های لوان و فوق حساسیت مثبت ارزیابی شد. برای آنالیز عددی خصوصیات فنوتیپی از نرم افزار Ntsys-pc استفاده شد. نتابج نشان داد که سویه های مورد بررسی در سطح بالاتر از 90% با هم تشابه دارند. تمام سویه ها در آزمون اثبات بیماریزایی، روی گیاهان هسته دار، در مدتی کمتر از دو هفته علایم بیماری را نشان دادند. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی B1 و B2، یک قطعه DNA به اندازه تقریبی 752 جفت بازی تولید شد، که این نتایج تشخیص پاتوار Pss را قطعی نمود. به منظور ارزیابی اثرانگشت ژنتیکی سویه ها از آزمون RFLP و آنزیم های kpnI ،EcorI ،HaeIII ،AluI و HindIII استفاده شد که در این میان، تنها HaeIII قادر به ایجاد برش در ژن SyrB بود. اثر انگشت ژنتیکی حاصل از این برش در کلیه سویه ها یکسان ارزیابی شد. نتایج حاصل از آزمون های فنوتیپی، بیماریزایی و RFLP نشان دادکه احتمالا سویه های Pss هسته داران در استان کهگیلویه و بویراحمد از یکنواختی زیادی برخوردارند.

کلیدواژه‌ها

درختان میوه هسته دار؛ SyrB؛ PCR؛ Pseudomonas syringae pv. syringae؛ RFLP

عنوان مقاله [English]

Comparison of Phenotypic and Genotypic Features of Pseudomonas syringae pv. syringae Isolated from Stone Fruits Using PCR-RFLP in Kohgiloye and Boyer Ahmad Province

نویسندگان [English]

Gilda Najafi Pour

plant protection, Islamic Azad University, Jahrom Branch

چکیده [English]

Bacterial canker of stone fruit trees caused by Pseudomonas syringae pv. syringae (Pss), is present in all areas where stone fruit trees are cultivated. It is one of the most important diseases of stone fruit trees in Iran. This disease causes deterioration in young trees and yield reduction in old trees (Agrios, 2005). During investigation in different regions of Kohgiloye and Boyerahmad province (Iran), plants showing bacterial canker symptoms were collected. A total of 30 gram-negative isolates were initially identified as Pseudomonas syringae pv. syringae. All isolates were studied for phenotypic, physiological, pathogenicity, nutritional characteristics and evaluation for syrB gene. Moreover, they were subjected to genetically analysis via RFLP. All isolates were rod shaped, gram negative, motile, and obligate aerobic. All of them showed positive reaction in catalase and hypersensitive reaction on tobacco. Additionally, they produced a fluorescent pigment on Kings’B medium. In LOPAT tests, oxidase, arginine dehydrolysis and potato rot were negative and hypersensitive reaction and levan production were positive. In numerical analysis of phenotypic characteristics using Ntsys-pc, all isolates were showed 90% similarity. Pathogenicity test shown that all strains were infectious on stone fruit plants regardless of their initial hosts. An approximately, a 752 bp fragment DNA, was synthetized using B1 and B2 specific primers. In RFLP test, five enzymes including kpnI, EcoRI, HaeIII, AluI and HindIII were applied on syrB gene. Only one enzyme, HaeIII, was able to cut syrB gene. Genetic fingerprint obtained from RFLP, were evaluated identical for all isolates. Results of phenotypic, pathogenicity, and RFLP tests signify that Pss strains isolated from stone fruits in Kohgiloye and Boyerahmad province, show high homogeneity.

کلیدواژه‌ها [English]

stone fruits, SyrB، Pseudomonas syringae pv. syringae، RFLP

مراجع